差额事业编的工资发放主要遵循以下步骤和原则：

工资总额划分

差额拨款事业单位的工资总额通常划分为基本工资、绩效工资、津贴和补贴等部分。基本工资根据工作人员的岗位层级和职务等级确定，而绩效工资、津贴和补贴等则根据工作绩效和实际需要发放。

工资核算与发放

差额拨款事业单位需要按照国家的相关规定，将工资核算和发放工作与预算管理结合起来，确保预算内发放工资并充分利用财政资金。申请拨款时，需要包含拨款金额、拨款用途、资金来源和支出计划等内容。

差额拨款审批

单位需要编制差额拨款申请，并报送上级主管部门进行审批。审批过程中，主管部门会对预算编制情况、拨款用途和资金来源等进行审核。

差额拨款下达

经过审核和审批后，上级主管部门会下达拨款通知书，通知单位领取拨款。单位应按照拨款用途和领款计划使用这些资金，并记录拨款使用和支出情况，同时做好财务报告和相关资料的归档工作。

工资构成比例

差额拨款单位的人员费用由国家财政拨款和其他费用自筹。人员工资构成中，固定部分通常占60%，非固定部分占40%。单位可以根据自身经费自主程度，实行工资总额包干或其他管理办法，以逐步减少国家财政拨款。

加班工资

根据《劳动法》的规定，在法定标准工作时间以外延长工作时间的情况下，用人单位应支付高于正常工作时间工资的工资报酬。具体包括：

在正常工作日加班加点，支付不低于本人工资的150%的工资报酬。

在休息日安排工作且不能安排补休的，支付正常日工资的200%的工资报酬。

在法定休假日安排工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。

绩效工资发放

事业单位的工资总额中，绩效工资通常分为基础性绩效和奖励性绩效两部分。基础性绩效工资按月发放，而奖励性绩效工资则根据单位制定的分配方案，在年终进行考核后发放。

差额事业编的工资发放涉及多个环节和组成部分，包括基本工资、绩效工资、津贴和补贴等，同时需要遵循国家的预算管理和财务管理规定。具体的发放标准和比例可能因地区和单位性质的不同而有所差异。