事业单位请假扣工资是否合法，需视具体情况而定：
若单位有明确的请假规章制度，且该制度规定在请假情况下扣除相应工资，同时规章制度的制定程序合法（如经职工代表大会讨论通过等），那么这种扣工资的行为通常是合法的。
但如果单位的请假规章制度不合理，比如扣除比例过高、未考虑员工的实际情况等，或者规章制度的制定程序不合法，那么扣工资的行为可能就不合法。
劳动者因法定事由请假，如患病、工伤等，按照法律规定，单位不得扣发其工资。
事假期间，单位可以不支付工资，但年休假、探亲假、婚假、丧假期间应当按合同约定支付工资。
病假期间，单位可以扣除绩效工资，但员工在病假期间的工资不得低于当地最低工资标准的80%。
事业单位请假扣工资是否合法，要综合考虑单位的规章制度以及具体的请假情况等因素。如果单位扣工资的行为违反了相关法律法规或劳动合同的约定，员工可以通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
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