事业单位人员在停薪留职期间，关于社保的处理方式主要有以下几种：

与单位协商继续缴纳

事业单位人员在停薪留职期间，可以与用人单位达成协议，由单位继续缴纳社保费用，以保持社保的连续性。这种方式下，个人不需要承担社保的全部费用，但需要确保与单位有明确的协议。

个人自行缴纳全部社保费用

如果与单位没有达成协议，或者单位不承担社保费用，个人可以选择自行缴纳全部社保费用。这种方式下，个人需要承担所有的社保费用，但可以享受连续的社保待遇。

签订书面协议

无论是选择继续由单位缴纳还是自行缴纳，都建议与单位签订书面协议，明确双方的权利和义务，以免后续出现纠纷。

法律途径

如果与单位协商不成，个人可以寻求法律途径解决，例如向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼，以保障自己的社保权益。

建议

提前规划：在停薪留职前，建议与单位充分沟通，明确社保缴纳的方式和责任，避免后续出现不必要的麻烦。

书面协议：无论选择何种方式，都应签订书面协议，确保双方权益得到保障。

法律咨询：如果对具体的社保缴纳方式或协议内容有疑问，建议咨询专业的法律人士，以确保自身权益不受损害。