入编时查档案不合格，可以采取以下措施：

通知本人提供相关材料进行作证

如果档案审核不过关，首先需要通知本人，要求提供相关材料进行作证。如果无法提供材料，用人单位可以与劳动者协商解除劳动关系，或者不签订劳动合同。

及时办理档案的补办

如果档案丢失或缺少材料，需要及时补办。补办档案时，应先搞清楚是哪些材料缺少，并委托专业人士协助整理一份需要补办的材料清单。根据清单去相关部门补办缺少的档案材料，并由档案存放地进行归档办理。

查找档案下落

如果档案找不到，需要尽快查找档案下落。档案一般保管在学校、人才市场或单位，可以逐一排查。如果档案在自己手里，需要尽快找学校或专业的档案服务机构帮忙解决，把档案存入人才中心。

委托专业的档案服务机构

档案服务机构的经验较丰富，能快速有效地解决档案问题，以免延误政审时间。可以通过档案服务机构去进行办理，全国受理。

注意档案的保管和存放

档案必须存放在具有档案管理权限的地方，个人私自保存档案是死档，无法完成公对公的调档。如果档案一直在自己手里，需要想办法在具备权限的地方进行档案遗失证明的开具申请，并补办缺少的档案材料。

及时与相关部门沟通

如果档案问题影响到了入职或政审，应及时与用人单位或相关部门沟通，了解具体处理流程和所需材料，以便尽快解决问题。

通过以上措施，可以尽可能地解决入编时档案不合格的问题，确保顺利入职或通过政审。