挂靠公司最怕被查的主要包括以下几个方面：

事故风险：

挂靠公司如果发生安全事故，无论是小事故还是大事故，公司及其负责人、安全经理等都会承担相应的责任。近年来，对于挂靠公司的管理越来越严格，安全事故可能导致公司被停止业务整顿，甚至追究法人的刑事责任。

税务风险：

挂靠公司为了获取业务，可能会承诺高额垫款或低息分期付款，这些行为在税务稽查中很难通过。一旦被发现，挂靠公司可能面临补交税款、罚款甚至刑事责任。

垫款垫资风险：

挂靠公司为了吸引客户，可能会承诺大额垫款，这些资金通常带有利息。如果客户违约，挂靠公司不仅损失了垫款，还可能因此陷入经济纠纷，甚至被查封所有其他挂靠车辆。

经济纠纷风险：

由于挂靠车辆实际运营在客户手中，一旦与客户发生纠纷，运输公司往往会被卷入甚至被作为被告。挂靠车辆在发生事故时，登记证书上的名字将成为权利主张的依据，这也增加了挂靠公司的法律风险。

资质审查风险：

挂靠公司在申请建筑业企业资质时，如果提供的申报材料存在隐瞒真实情况或提供虚假材料，将会受到警告，并在1年内不得再次申请资质。资质审查的严格性也使得挂靠行为更加困难。

挂靠公司最怕被查的主要是事故风险、税务风险、垫款垫资风险、经济纠纷风险以及资质审查风险。建议挂靠公司在运营过程中要严格遵守相关法律法规，加强内部管理和风险控制，以降低被查处的风险。