当工程款超过中标价时，处理方式通常遵循以下步骤和原则：

合同约定优先

如果合同中有关于工程价款结算的明确约定，则应按照合同约定进行结算。

协商处理

若合同中没有明确约定或双方对超出部分有争议，应首先通过协商来解决。

计价标准和方法

若协商不成，可以根据签订合同所在地建设行政主管部门发布的计价方法或计价标准来结算工程价款。

法律依据

《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》提供了法律支持，特别是第十九条和第二条的相关规定。

实质性内容一致性

如果另行订立的合同与备案的中标合同在实质性内容上不一致，应以备案的中标合同作为结算依据。

特殊情况

对于因设计变更、工程量增加或材料价格上涨等特殊情况导致的工程价款超出中标价，也需要根据具体情况分析处理。

诉讼途径

如果协商和计价方法都不能解决争议，当事人可以向人民法院提起诉讼。

请根据具体情况选择合适的处理方式。