档案机构存在的问题主要包括以下几个方面：

缺乏顶层协调机制：

档案信息化、解密划控等工作需要各部门相互配合和分工协作，但缺乏一个统一的顶层协调机构来推动这些工作的实施。

机构要求存在盲区：

根据《条例》，不需要建立档案机构的机关应配备专职或兼职档案人员，但缺乏对这些档案人员所在机构的要求，导致档案工作职责无法有效履行。

缺少档案工作网络：

档案工作涉及机关每个部门和每位工作人员，需要形成一个合理有效的工作机制，由相关人员组成档案工作网络，但目前这方面还不够完善。

档案行政管理政策滞后或不到位：

档案管理部门的政策性文件不足，且档案工作人员的经济和政治待遇问题没有得到妥善解决，影响了档案工作的积极性。

档案专业人才枯竭：

档案干部队伍结构不合理，缺乏档案专业学习和系统化培训，导致档案管理工作难以升级。

制度长期不完善且内容流于形式：

事业单位的档案管理制度多数照搬上级机构政策，缺乏针对本单位实际情况的优化，导致管理混乱和制度执行不力。

传统档案电子化比例低：

一些基层机构未能有效推进档案信息化工作，仍旧依赖传统档案管理方式，降低了工作效率，也不利于与上级单位的信息化网络相连。

档案管理人员专业素质不高：

档案工作人员的学历和专业素质不适应新时期档案工作的需要，缺乏深层次研究和开发档案信息的专业人才。

档案管理不够规范：

存在档号不规范、案卷标题不规范、缺少卷内目录和组卷混乱等问题。

档案检索效率不高：

传统手工检索占有较大比重，检索工具虽多但质量参差不齐，影响了档案服务的效率。

信息开发和编研工作存在问题：

编研产品层次低、质量差、实用性不大，且部分选题虽好但失去时效性，影响了档案作用的发挥。

以上问题反映了档案机构在组织结构、政策、人才、管理制度、技术应用等方面面临的挑战。解决这些问题需要从多个层面入手，包括加强顶层协调、完善机构要求、建立工作网络、更新行政管理政策、培养专业人才、优化管理制度、推进电子化进程、提升管理人员素质、规范档案管理和提高信息编研质量等。