事业单位加班工资的计算方法如下：

加班工资的计算基数

事业单位的加班工资计算基数为职工本人的基本工资。基本工资包括职务等级（技术等级、等级）工资与按国家规定比例计算的津贴之和。

如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以其中单独一项作为计算基数。

加班工资支付标准

工作日加班：支付不低于工资的150%的报酬。

休息日加班：支付不低于工资的200%的报酬。

法定节假日加班：支付不低于工资的300%的报酬。

其他注意事项

加班费发放额的关键是工资基数，用人单位规定的加班工资低于国家规定标准的，应按国家规定标准支付加班费。

综合计算工时工作制的单位，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应按上述规定支付工作人员加班工资。

通过以上规定，可以看出事业单位在计算加班工资时，主要依据职工本人的基本工资，并根据加班时间的长短（工作日、休息日、法定节假日）支付不同比例的加班工资。