学校现设有本科专业21个，涉及医学、理学、工学、管理学科、社会学科、人文学科等6大学科门类，拥有硕士学位授权一级学科点4个，硕士学位授权二级学科点26个，省级示范性硕士点2个。
江西中医药大学学科评估结果
| 专业名称 | 专业代码 | 专业评估 |
|---|---|---|
| 保险学 | 020303 | B |
| 运动康复 | 040206T | B |
| 英语 | 050201 | |
| 应用心理学 | 071102 | B |
| 医学信息工程 | 080711T | |
| 计算机科学与技术 | 080901 | B |
| 生物医学工程 | 082601 | |
| 食品质量与安全 | 082702 | |
| 食品营养与健康 | 082710T | |
| 预防医学 | 100401K | |
| 中医学 | 100501K | B |
| 针灸推拿学 | 100502K | B |
| 中医康复学 | 100510TK | |
| 中医养生学 | 100511TK | |
| 中医骨伤科学 | 100513TK | |
| 中西医临床医学 | 100601K | B |
| 药学 | 100701 | B |
| 药物制剂 | 100702 | B |
| 中药学 | 100801 | A |
| 中药资源与开发 | 100802 | B |
| 中药制药 | 100805T | B |
| 医学检验技术 | 101001 | |
| 医学影像技术 | 101003 | B |
| 康复治疗学 | 101005 | B |
| 护理学 | 101101 | B |
| 市场营销 | 120202 | B |
| 公共事业管理 | 120401 | B |
| 健康服务与管理 | 120410T | B+ |
| 音乐学 | 130202 | B+ |
