合肥工业大学设有多个学院，涵盖了本科、硕士、博士三个层次的教育体系。以下是一些主要的专业：
机械工程学院
机械设计制造及其自动化
车辆工程
工业工程
飞行器制造工程
智能制造工程
机械工程（宣城校区独占）
过程装备与控制工程（宣城校区独占）
材料科学与工程学院
材料成型及控制工程
金属材料工程
无机非金属材料工程
材料物理
粉体材料科学与工程
新能源材料与器件（宣城校区独占）
电气与自动化工程学院
电气工程及其自动化
自动化（合肥校区与宣城校区共同招生）
智能电网信息工程
机器人工程
计算机与信息学院（人工智能学院）
计算机科学与技术
软件工程
物联网工程（宣城校区独占）
电子信息工程
通信工程
信息安全
智能科学与技术
电子信息科学与技术（宣城校区独占）
土木与水利工程学院
土木工程
水利水电工程
水文与水资源工程
给排水科学与工程
建筑环境与能源应用工程
测绘工程
工程力学
城市地下空间工程（宣城校区独占）
化学与化工学院
化学工程与工艺
高分子材料与工程
应用化学（理）（合肥校区）
应用化学（工）（宣城校区）
能源化学工程（宣城校区）
建筑与艺术学院
建筑学
城乡规划
视觉传达设计
环境设计
风景园林
工业设计
资源与环境工程学院
资源勘查工程
地理信息科学
勘查技术与工程
环境工程（合肥校区与宣城校区共同招生）
地下水科学与工程
地质学
食品与生物工程学院
食品科学与工程
生物工程
生物技术
食品质量与安全（宣城校区独占）
药学
制药工程
经济管理学院
信息管理与信息系统
电子商务
工商管理
会计学
市场营销
物流管理（宣城校区独占）
大数据管理与应用
经济学（合肥校区与宣城校区共同招生）
金融工程
经济与贸易类（中外合作办学）（国际经济与贸易）
马克思主义学院
思想政治教育
外国语学院
英语（合肥校区与宣城校区共同招生）
印度尼西亚语（宣城校区独占）
软件学院
软件工程
汽车与交通工程学院
车辆工程
能源与动力工程
交通工程
交通运输
交通设备与控制工程（先进载运工程）（宣城校区独占）
微电子学院
电子科学与技术
微电子科学与工程
集成电路设计与集成系统
文法学院
法学
广告学（宣城校区独占）
其他专业
自动化（合肥校区与宣城校区共同招生）
智能车辆工程
智能电网信息工程
地下水科学与工程
地质学
应用物理学[7
