内部审计实施的财政财务收支审计仅限于对本部门、本单位及所属各部门、各单位财政财务收支进行的真实、合法和效益审计。由于各部门、各单位的资金来源状况及资产、负债管理情况不尽相同，内部审计的重点也各不相同。对有国家财政资金介入的部门、单位，不仅要审查其自身财务状况，还须重点检查财政资金的使用渠道和使用方向。

1.行政单位的内部财政财务收支审计，重点是各级国家权力机关、行政机关、审判机关、检察机关、各党派、社会团体及其在境外的派出机构的行政经费、罚没收入和行政性收费的真实、合法和效益性。

2.事业单位的内部财政财务收支审计，重点是各项事业经费收支的真实、合法和效益性，包括用于科学、教育、文化、卫生、广播影视、地震、体育、民政、外交及农业、工业、交通、邮电通讯、商业贸易、工商行政、商品检验等各项事业发展的经费。这里，既包括财政预算拨款的审查，也包括财政预算外安排的各项资金、事业周转金和事业性收费的审查。

3.企业单位(包括金融企业)的内部财政财务收支审计，重点是其资产、负债和损益的真实、合法和效益性。审查的主要内容：企业制定的各项制度是否符合国家有关法律法规的要求;企业一定时期内拥有的资产、承担的债务、经营成果及其分配情况的真实、合法性;企业占有的国有资产的安全、完整和保值增值情况