培养方向不同：根据我国的有关规定，普通硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
招生条件不同：专业硕士要求报考者有一定年限的工作经历，而普通硕士则不需要。
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招生考试不同：对学生来说，普通硕士的招生考试只有年初的“统考”，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。专业硕士的招生考试有10 月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可以自行选择，而这两大国家级别的考试的专业考试，也由各招生单位自行命题、阅卷。
入学难度不同：全国硕士研究生入学统一考试（统考）完全是严进宽出的代表。
学习方式不同：普通硕士： 全日制学习。一般为3 年。 专业硕士：半脱产，学制2－3 年。
学习费用不同：普通硕士录取为国家计划内（非定向、定向）的硕士生按国家规定享受免学费待遇。对于自筹经费生、特困生等考生可通过申请国家助学贷款或者商业贷款缓解学费的压力。 专业硕士学费按照不同专业类别差别较大。专业硕士学位一般不能申请国家助学贷款。
文凭颁发不同：与普通硕士不同，大多数专业硕士只授予学位证书，没有学历证书。但也有例外，例如工商管理硕士、法律硕士、临床医学硕士、建筑学硕士等，就同时颁发学位和学历证书。大体来看，“统考”生拿“双证”，“联考”生拿“单证”。
认可度也会不同。
