细菌与真菌最主要的区别在于真菌有成形的细胞核，细菌没有成形的细胞核，只有拟核。真菌细胞核中有染色体，细菌没有像真核生物细胞中那样的染色体。细菌没有核糖体以外的细胞器，而真菌有。
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细菌是许多疾病的病原体，可以通过各种方式，如接触、消化道、呼吸道、昆虫叮咬等在正常人体间传播疾病，具有较强的传染性，对社会危害极大。人类也时常利用细菌，例如乳酪及酸奶和酒酿的制作、部分抗生素的制造、废水的处理等，都与细菌有关。在生物科技领域中，细菌也有着广泛的运用。
真菌，是一种具真核的、产孢的、无叶绿体的真核生物。包含霉菌、酵母、块菌（即蘑菇）以及其他人类所熟知的菌菇类。真菌独立于动物、植物和其他真核生物，自成一界。真菌的细胞有含甲壳素，能通过无性繁殖和有性繁殖的方式产生孢子。
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