真菌属于真核细胞生物，由于霉菌属于真菌的一个分支，因此也具有真核细胞生物的特征，从范围上来讲，两者的区别在于真菌包括的范围大于霉菌；从作用上来说，真菌中的各种分支均有其独特的作用，其中也包含了霉菌和其他类型的真菌。
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真菌在自然界中分布极广，有十万多种。很多真菌对人类是有益的，如面粉发酵，做酱油，醋，酒和霉豆腐等都要用真菌来发酵，工业上许多酶制剂，农业上的饲料发酵都离不开真菌。许多真菌还可食用，如蘑菇，银耳，香菇，木耳等。真菌还是医药事业中的宝贵资源，有的可以用于生产抗生素和维生素以及酶类，有的本身就可以入药用于医治疾病，如中药马勃，茯苓，冬虫夏草等。
霉菌，又被称为丝状菌，属于真菌的一种，呈丝状，丛生，可产生多种形式的孢子，多为腐生，种类很多，常见的有根霉，毛霉，曲霉和青霉等，霉菌可用以生产工业原料，进行食品加工，制造抗菌素，和生产农药等，但也能引起工业原料和产品以及农林产品发霉变质。
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