铁路运输发票一般纳税人税率为11%，小规模纳税人税率为3%。一般纳税人的征税主要是根据其运费结算单所统计的运费金额，按10%的扣除率计算进项税额准予扣除。公路、内河货物运输业统一发票、货票、全国联运行业货运统一发票、河南省地方铁路统一发票等属于允许抵扣的新版运输发票。
准予抵扣的货物运费金额
指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用，装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费。
准予抵扣的运费结算单据
准予抵扣的运费结算单据，是指国营铁路、民用航空、公路和水上运输单位开据的货票，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票。
但不包括增值税一般纳税人取得的货运定额发票。
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