食品生物技术专业毕业生主要就职于食品生物技术应用领域的工程技术与管理部门。食品生物技术专业学生主要就业岗位为：销售工程师、销售经理、销售代表、化验员等等。

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食品生物技术专业就业前景，对于生物科学专业来说，地区性差异是必然存在的一个问题，前端科技的发展以经济实力和实际需求程度为基础。而这些条件在大城市和小城市之间是有很大差别的，大城市经济发展迅速，相应的新需求不断增加，这为专业的发展提供了动力和可能性。中小城市在这个方面的发展则相对缓慢一些。据统计数据显示，生物科学专业在就业求职的学生中，有80%以上的人选择在北京、上海及重要的省会城市工作，认为留在大城市对本专业及个人以后的发展都能提供更多的机会，如果去基层单位，不仅待遇低，也很难有提高的机会。食品生物技术专业就业前景事物都必然存在两面性，新兴产业尤其是这种对专业技能、科技含量要求较高的专业，在日趋发展壮大、就业热门的同时，其就业竞争也日趋激烈，而且“门槛”也比较高，本科毕业在文凭方面已经不是优势更不要说专科。选择进入本专业的科研院所或生物领域的企业，两者的工作环境和待遇都不错，月收入平均可以达到3千～6千元不等，当然还有更高的，这也就涉及到前面提到的竞争力的问题。