吉林大学是一所综合性大学，下设以下学院和研究所：

1. 前卫学院

2. 人文学院

3. 法学院

4. 商学院

5. 公共管理学院

6. 新闻传播学院

7. 外国语学院

8. 化学学院

9. 地球科学学院

10. 数学学院

11. 物理学院

12. 机械科学与工程学院

13. 材料科学与工程学院

14. 电气工程学院

15. 计算机科学与技术学院

16. 自动化学院

17. 航空航天学院

18. 软件学院

19. 生命科学学院

20. 医学院

21. 药学院

22. 环境科学与工程学院

23. 建筑与艺术学院

24. 城市与环境学院

25. 交通学院

26. 基础医学院

27. 临床医学院

28. 公共卫生学院

29. 医学检验学院

30. 医学影像学院

31. 医学信息学院

32. 医学人文学院

33. 医学心理学院

34. 医学护理学院

35. 思想政治教育研究所

36. 高等教育研究所

37. 大学生体育教育研究所

38. 东北亚研究院

39. 光电子学研究院

40. 能源材料化学协同创新中心

41. 光电材料与技术协同创新中心

42. 空天科学与技术研究院

43. 精密医学研究所

44. 纳米技术研究院

45. 食品科学与工程研究院

46. 软物质与化学生物学研究所

47. 核技术应用研究所

48. 医学大数据研究院

49. 生物医学工程研究所

50. 医学工程与转化医学研究所

51. 医学影像技术研究所

52. 医学科学与技术研究院

53. 医学科学研究院

54. 医药卫生信息工程研究中心

55. 医学工程与转化医学研究中心

56. 医学影像技术研究中心

57. 医学科学与技术研究中心

58. 医药卫生信息工程研究中心

59. 职业技术教育学院

60. 继续教育学院

61. 国际教育学院

62. 吉林大学珠海学院。