武汉工程大学最好的专业有：
1、化学工程与技术：该专业师资力量雄厚，教学和科研水平高，拥有国家“211工程”三期重点建设学科“化学工程与技术”和湖北省一级学科重点学科“化学工程与技术”。
2、制药工程：该专业师资力量雄厚，实验设备先进，拥有湖北省“国内一流学科”和“楚天学者计划”特聘教授设岗学科，也是湖北省“十二五”重点学科和ESI全球前1%学科。
3、过程装备与控制工程：该专业办学历史悠久，教学经验丰富，拥有湖北省“楚天学者计划”特聘教授设岗学科，也是学校“十二五”重点学科和ESI全球前1%学科。
4、生物工程：该专业师资力量雄厚，实验设备先进，拥有湖北省“国内一流学科”和“楚天学者计划”特聘教授设岗学科。
5、计算机科学与技术：该专业师资力量雄厚，教学和科研水平高，拥有湖北省“国内一流学科”和“楚天学者计划”特聘教授设岗学科。
以上专业都是武汉工程大学的优势专业，都具有较高的教学水平和学科建设水平。
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