1、理学部

数学科学学院、物理学院、化学与分子工程学院、生命科学学院、城市与环境学院、地球与空间科学学院、心理与认知科学学院、建筑与景观设计学院

2、 信息与工程科学部

信息科学技术学院、电子学院、计算机学院、集成电路学院、智能学院、工学院、王选计算机研究所、软件与微电子学院、环境科学与工程学院、软件工程国家工程研究中心、材料科学与工程学院、未来技术学院

3、人文学部

中国语言文学系、历史学系、考古文博学院、哲学系（宗教学系）、外国语学院、艺术学院、对外汉语教育学院、歌剧研究院

4、社会科学学部

国际关系学院、法学院、信息管理系、社会学系、政府管理学院、马克思主义学院、教育学院、新闻与传播学院、体育教研部

5、经济与管理学部

经济学院、光华管理学院、人口研究所、国家发展研究院

6、 医学部

基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、医学人文学院、医学继续教育学院

7、跨学科类

元培学院、北京国际数学研究中心、前沿交叉学科研究院、科维理天文与天体物理研究所、核科学与技术研究院、燕京学堂、现代农学院、人工智能研究院

8、深圳研究生院

深圳研究生院、信息工程学院、化学生物学与生物技术学院、环境与能源学院、城市规划与设计学院、新材料学院、汇丰商学院、国际法学院、人文社会科学学院