清华最有名的院系，有建筑院系。土木水利院系。环境院系。机械工程院系。

1.建筑学院：清华建筑学院由著名建筑学家梁思成先生于1946年10月创办，后于1988年成立学院。截至2012年底，建筑学院下设建筑系、城市规划系、景观学系、建筑技术科学系。跨院系成立的校级科研机构清华大学建筑与城市研究所、清华大学人居环境研究中心和清华大学建筑节能研究中心也依托建设于建筑学院。

2.土木水利学院：土木工程系是清华大学历史最悠久的系科之一，1926年学校成立工程系，含土木、机械、电机三科，由此正式揭开土木工程系的历史。

1928年，清华学校更名为“国立清华大学”，设文、理、法、工四个学院，16个系，其中有土木工程系。

3.环境学院：环境学院源于1928年设立的市政工程系，在我国环境工程学科的奠基人陶葆楷先生的带领下，经过几代人的艰苦奋斗逐步发展壮大。

1977年建立我国第一个环境工程专业，1984年成立环境工程系，1988年被评为我国唯一的环境工程重点学科；1997年更名为环境科学与工程系，2001年和2007年两次蝉联环境工程国家重点学科，2009年在教育部学科评估中获得环境科学与工程一级学科第一名；2011年在清华大学喜庆百年华诞之际发展为环境学院。

4.机械工程学院：清华大学机械工程学院渊源于1932年成立的清华大学工学院“机械工程学系”。目前包含“机械工程系”、“精密仪器系”、“热能工程系”、“汽车工程系”、“工业工程系”以及“基础工业训练中心”6个部门。