1948年7月，黑龙江农业干部学校成立，校址克山西门外。1949年，迁到北安北岗。1956年，改建为北安农学。2003年初，北安农校与水产学校组建黑龙江农牧水产职业学院。2004年4月，更名为黑龙江生物科技职业学院。2008年，学院在教育部高职高专人才培养工作水平评估中获得优秀。2011年，学院成为黑龙江省首批骨干高等职业院校建设单位。2016年8月，入选第二批国家现代学徒制试点单位。2019年10月，通过教育部现代学徒制第二批试点单位验收。
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