南京审计大学重点学科有理论经济学、马克思主义理论、数学、统计学、计算机科学与技术、公共管理、法学、工商管理、应用经济学、中国语言文学等，以下是具体名单，供大家参考，如有变动，以学校最新公布为准。
1、南京审计大学重点学科名单
“十三五”江苏省重点（培育）学科：理论经济学
“十三五”江苏省重点建设学科：马克思主义理论、数学、统计学、计算机科学与技术、公共管理
“十二五”江苏省重点（培育）学科：理论经济学
“十二五”江苏省重点建设学科：法学、公共管理、统计学
江苏高校优势学科建设工程三期项目：工商管理、应用经济学
校级重点学科：理论经济学、应用经济学、工商管理
校级重点建设学科：法学、马克思主义理论、中国语言文学、数学、统计学、计算机科学与技术、管理科学与工程、公共管理、英语语言文学（二级学科）
校级特色建设学科：政府审计
校重点培育交叉学科：跨境电商
校重点培育学科：公共管理、法学、数学、统计学
2、南京审计大学学科评估结果排名（第四轮）
以下是南京审计大学第四轮学科评估结果排名情况，由于第五轮还未公布，这也是最新评估结果。
| 序号 | 学校代码 | 学校名称 | 一级学科名称 | 评选结果 |
| 1 | 11287 | 南京审计大学 | 工商管理 | B |
| 2 | 11287 | 南京审计大学 | 应用经济学 | C |
| 3 | 11287 | 南京审计大学 | 理论经济学 | C- |
