山东农业大学重点学科有作物栽培学与耕作学、果树学、作物学、园艺学、植物与动物科学、植物保护、生物学、农业资源与环境、食品科学与工程、蔬菜学等，以下是具体名单供大家参考，如有变动，以学校最新公布为准。
1、山东农业大学重点学科名单
| 国家重点学科 | 作物栽培学与耕作学 |
| 果树学 | |
| 农业部重点学科 | 作物栽培学与耕作学 |
| 果树学 | |
| 山东省一流学科 | 作物学 |
| 园艺学 | |
| 植物与动物科学（高峰计划学科） | |
| 植物保护（培育建设） | |
| 山东省高水平学科高峰学科 | 作物学 |
| 山东省高水平学科优势特色学科 | 园艺学、生物学、植物保护、农业资源与环境 |
| 山东省高水平学科培育学科 | 食品科学与工程 |
| 省级重点学科 | 作物栽培学与耕作学 |
| 果树学 | |
| 蔬菜学 | |
| 作物遗传育种 | |
| 植物生理学 | |
| 植物病理学 | |
| 农业经济管理 | |
| 园艺学 | |
| 预防兽医学 | |
| 植物学 | |
| 食品科学 | |
| 基础兽医学 | |
| 水利水电工程 | |
| 森林培育 | |
| 农业昆虫与害虫防治 | |
| 园林植物与观赏园艺 | |
| 农业机械化工程 | |
| 土地资源管理 | |
| 水土保持与荒漠化防治 | |
| 结构工程 | |
| 应用化学 |
以下是山东农业大学第四轮学科评估结果排名情况，由于第五轮还未公布，这也是最新评估结果。
| 序号 | 学校代码 | 学校名称 | 一级学科代码 | 一级学科名称 | 评选结果 |
| 1 | 10434 | 山东农业大学 | 0901 | 作物学 | B+ |
| 2 | 10434 | 山东农业大学 | 0902 | 园艺学 | B+ |
| 3 | 10434 | 山东农业大学 | 0904 | 植物保护 | B |
| 4 | 10434 | 山东农业大学 | 0903 | 农业资源与环境 | B- |
| 5 | 10434 | 山东农业大学 | 0905 | 畜牧学 | B- |
| 6 | 10434 | 山东农业大学 | 0906 | 兽医学 | B- |
| 7 | 10434 | 山东农业大学 | 0907 | 林学 | B- |
