工程款用房子抵账的流程如下：

签订抵房协议

开发商与工程承包商签订以房抵工程款的协议，明确双方的权利和义务，包括房屋的具体信息（如面积、单价、位置等）、抵付工程款的金额、交付期限、税费处理等。

处理差额

在协议中明确实际工程款与用以抵付的房屋价款之间的差额，并约定如何处理该差额，例如由一方支付现金或其他形式。

开具发票

房地产企业按照抵付工程款金额向建筑商开具销售不动产的增值税专用发票，建筑企业则向房地产公司开具建筑业的增值税专用发票。双方各自承担相应的税费。

账务处理

建筑企业将抵债房屋作为固定资产入账，贷方记为“主营业务收入-工程款”，同时借记“固定资产-房屋”。

房地产企业在确认抵账时，若房产用于公司经营或未来可能出售，则作为固定资产核算，贷方记为“应收账款-开发商”，借方记为“固定资产”及“应交税费-应交增值税（进项税额）”。

产权过户

开发商需在协议签订后规定时间内将抵债房产交付给工程承包商，并协助其办理产权过户手续。

注销抵押登记

抵押期限届满后，开发商需向房地产管理部门申请注销抵押登记，并向工程承包商归还抵押物。

税务处理

双方在协议中应明确税务处理方式，包括确定应税收入与可减免税项之间的不同，计算实际减免税额，并进行税款申报和缴纳。

通过以上步骤，可以确保工程款用房子抵账的合法合规性，同时保护双方的权益。建议在实际操作中咨询专业律师和会计师，以确保所有手续和文件的准确性和有效性。