解决工程结算纠纷的方法有以下几种：

协商解决

双方可以通过友好协商，就争议问题达成一致意见。在协商过程中，可以邀请第三方专业机构或人士进行调解，以促进双方的沟通和理解。

调解解决

如果协商无法解决纠纷，可以申请调解。调解可以由建设行政主管部门、行业协会或其他第三方机构组织进行。调解的优点是程序相对简单、快捷，成本较低，且能够在一定程度上维护双方的关系。

仲裁解决

仲裁是一种具有法律效力的纠纷解决方式。双方可以在合同中约定仲裁条款，或者在纠纷发生后达成仲裁协议，将争议提交仲裁机构进行仲裁。仲裁的优点是程序相对灵活、快捷，仲裁裁决具有终局性。

诉讼解决

如果协商、调解和仲裁都无法解决纠纷，双方可以向人民法院提起诉讼。在提起诉讼时，需要准备相关证据及诉讼材料，可以向工程所在地法院也可以向被告所在地法院起诉，并在起诉的同时申请财产保全，查封账户和其他财产。胜诉之后，如果对方在履行期未履行法院判决，可以申请法院强制执行。

建议

优先选择协商和调解：在纠纷初期，双方应尽量通过友好协商和调解来解决争议，以维护良好的合作关系和降低解决纠纷的成本。

准备充分的证据：无论采取哪种解决方式，都需要准备充分的证据来支持自己的主张。证据包括工程合同、施工图纸、变更通知、签证文件、进度报告、质量验收报告、往来函件、支付凭证等。

合理利用法律途径：如果协商和调解都无法解决问题，应及时寻求法律途径，包括申请仲裁或向法院提起诉讼。在诉讼过程中，应严格按照法律规定和程序进行，以确保自身权益得到保障。