在工程款结算中扣罚款时，应当遵循以下原则进行记账：
收支两条线原则
收到工程款时，应计入“银行存款”科目，并相应减少“工程结算”或“应收工程款”科目（如果已经登记工程结算）。
支付罚款时，应计入“利润分配”科目，而不是成本科目，因为罚款具有惩罚性质，应由单位自行承担。
罚款的核算
罚款通常应计入“营业外支出”科目，而不是日常经营活动的费用科目。如果罚款是由于违反合同规定或相关法规产生的，则应作为营业外支出处理；如果罚款与日常经营活动有关，例如工程延期导致的违约罚款，则可以视为费用类科目入账，如“管理费用”或“销售费用”。
法律依据
工程罚款是法律制裁措施，必须按照相关规定支付。根据建筑法和招投标法的规定，工程款应当用于支付工程建设的相关费用，不能用于其他用途。将工程罚款从工程款中扣除是违法的。
合同条款
在建设工程合同中，工程罚款可以视为合同约定的违约金条款。如果工程质量不合格，承包人应无条件返工，发包人有权对承包人进行经济处罚，并承担相应损失。这种罚款应从工程款中扣减。
工程款结算中扣罚款的记账方法应明确区分罚款的性质，并严格按照相关会计准则进行核算。同时，必须注意遵守相关法律法规，确保罚款的支付合法合规。
