香港中文大学现设有八个学院，包括文学、工商管理、教育、工程、医学、理学、社会科学和法律学院，合共 63个学系。
具体专业设置如下：
文学院：
包括中国语言及文学系、翻译系、音乐系、雅礼中国语文研习所、文化与宗教研究系、哲学系等。
商学院：
包括会计学院、决策科学与企业经济学系、财务学系、管理学、亚太工商研究所、酒店及旅游管理学院、市场学系等。
工程学院：
包括计算机科学与工程学系、机械与自动化工程学系、电子工程学系、讯息工程学系、系统工程与工程管理学等。
医学院：
包括麻醉及深切治疗学系、病理解剖及细胞学系、生物医学学院、肿瘤学系、影像及介入放射学系、内科及药物治疗学系、那打素护理学院、儿科学系、微生物学系、耳鼻咽喉—头颈外科学系、妇产科学系、药剂学系、眼科及视觉科学学系、矫形外科及创伤学系、化学病理学系、外科学系、精神科学系、公共卫生及基层医疗学院、中医学学院等。
理学院：
包括数学系、物理系、化学系、统计学系等。
社会科学学院：
包括政治与行政学系、地理与资源管理学系、经济学系等。
法学院：
包括比较及公共法中心、国际金融法亚研究所、法律专业学系、法学系等。
香港中文大学（深圳）也设有多个专业，包括经管学院、理工学院、人文社科学院、数据运筹院以及研究生院，覆盖理学、工学、文学、社会科学、经济学和管理学，共计14个本科专业和11个研究生专业。
香港中文大学及其深圳分校的专业设置非常丰富，涵盖了广泛的学科领域。
