我司是一家跨地区的连锁直营店，在省内各市设立了门店进行食品销售，且各直营店为非独立核算。这种情况下各直营门店要怎么缴纳增值税？根据《增值税暂行条例》第二十二条的规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。但如果满足《财政部国家税务总局关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》(财税字[1997]97号)的规定，对总店和分店实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。因此，应当各自向当地税务机关申报缴纳增值税，但如果满足上述规定，可以由总机构汇总缴纳增值税。相关法规参考：《财政部国家税务总局关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》(财税字[1997]97号)一、对跨地区经营的直营连锁企业，即连锁店的门店均由总部全资或控股开设，在总部领导下统一经营的连锁企业，凡按照国内贸易部《连锁店经营管理规范意见》(内贸政体法字[1997]第24号)的要求，采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营，并符合以下条件的，可对总店和分店实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税：

1. 在直辖市范围内连锁经营的企业，报经直辖市国家税务局会同市财政局审批同意；2.在计划单列市范围内连锁经营的企业，报经计划单列市国家税务局会同市财政局审批同意；3.在省（自治区）范围内连锁经营的企业，报经省（自治区）国家税务局会同省财政厅审批同意；4.在同一县（市）范围内连锁经营的企业，报经县（市）国家税务局会同县（市）财政局审批同意。