扣税方法如下：
单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和职工个人缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。
单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行；
而单位和个人超过上述规定比例和标准缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。通知明确，个人实际领(支)取原提存的“四金”免征个人所得税。
企事业单位按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法，实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税；
个人按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除；
而企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
扩展资料：
中央财经大学财政与公共管理学院副院长刘桓在接受记者采访时认为，这就意味着单位和个人缴纳的住房公积金比例将由8%—10%调高至12%。至于这12%的比例是缴纳的上限还是底限，财政部税政司相关负责人未进行解读。
据了解，对“三险一金”免征个人所得税将是国家长期执行的一项税收优惠政策，加上“三险一金”的优惠，我国个税每月费用扣除额度其实已经不止1600元，达到2000元以上。刘桓表示，住房公积金缴存比例提高，意味着每月工资的个税扣除额度实际上又调高了。
参考资料来源：人民网-个税起征点变相调高：住房公积金缴存比将至12%
