一、根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的规定，试点纳税人发生应税行为，在纳入营改增试点之日前已缴纳营业税，营改增试点后因发生退款减除营业额的，应当向原主管地税机关申请退还已缴纳的营业税。试点纳税人纳入营改增试点之日前发生的应税行为，因税收检查等原因需要补缴税款的，应按照营业税政策规定补缴营业税。
二、对于预征税款的后续处理，应当以当期应纳税额抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税。未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。具体处理应区分以下几种情况：
一是一般纳税人销售自行开发的房地产老项目，可以选择适用简易计税方法按照5%的征收率计税。值得注意的是，一经选择简易计税方法计税的，36个月内不得变更为一般计税方法计税。纳税申报时，以当期销售额和5%的征收率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税。其中，预缴税款计算时，按照5%的征收率计算，即应预缴税款=预收款÷（1+5%）×3%。小规模纳税人销售自行开发的房地产项目纳税申报与此相同。二是一般纳税人销售自行开发的房地产项目适用一般计税方法计税的，应以当期销售额和11%的适用税率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税。在这里，预缴税款计算时，按照11%的适用税率计算，即应预缴税款=预收款÷（1+11%）×3%。
