农产品初加工缴纳增值税的方式主要取决于税务法规和政策。

一般来说，农产品初加工可以按照增值税一般纳税人的方式缴纳增值税，也可以按照小规模纳税人的方式缴纳增值税。具体缴纳方式需要根据企业的具体情况和税务政策来确定。

对于增值税一般纳税人来说，农产品初加工企业需要计算销项税额和进项税额，然后按照差额缴纳增值税。销项税额是指企业销售农产品初加工产品所产生的税额，而进项税额是指企业在生产过程中购买的原材料、设备等所产生的税额。企业需要向税务部门申报纳税，并提供相关的凭证和资料。

对于小规模纳税人来说，农产品初加工企业可以按照简易办法计算缴纳增值税，即按照销售额和征收率计算税额。小规模纳税人需要向税务部门申报纳税，并提供相关的凭证和资料。

需要注意的是，农产品初加工企业的增值税政策可能会因为不同的地区、不同的产品类型、不同的销售对象而有所不同。因此，企业需要了解当地的税务政策和法规，确保合法合规缴纳增值税。

举个例子，某农产品初加工企业是一般纳税人，其生产销售的大米售价为100元/公斤，生产成本为80元/公斤。那么该企业需要计算销项税额和进项税额。假设该企业的增值税税率为13%，那么销项税额为13元/公斤，进项税额为10.4元/公斤（80元*13%），需要缴纳的增值税为2.6元/公斤（13元-10.4元）。

以上是关于农产品初加工如何缴纳增值税的一般性解释和例子，具体情况还需要根据不同的情况和政策来确定。