在合并报表中抵消内部交易的方法主要是通过编制合并抵消分录来实现。

首先，我们需要理解什么是内部交易。内部交易是指企业集团内部母公司与子公司、子公司之间因销售商品、提供劳务等而形成的交易。这些交易在个别财务报表中可能会确认收入、成本和利润，但从企业集团整体来看，这些内部交易并不产生实际的经济利益流入和流出，因此需要在合并报表中进行抵消。

具体的抵消方法如下：在编制合并报表时，需要将内部销售收入和内部销售成本予以抵消。例如，母公司向子公司销售商品100万元，该商品的成本为80万元。在个别财务报表中，母公司确认了100万元的收入和80万元的成本，子公司确认了100万元的存货。但在合并报表中，需要将这100万元的收入和80万元的成本进行抵消，同时抵消子公司存货中的未实现内部销售利润20万元。这样处理后，合并报表中的存货价值就反映了企业集团整体的存货价值，避免了虚增利润的情况。

除了上述的内部销售收入和成本的抵消外，还有一些其他的内部交易也需要进行抵消，如内部往来款项、内部固定资产交易等。这些抵消处理需要根据具体情况进行分析和处理，以确保合并报表的准确性和可靠性。

抵消内部交易是编制合并报表的重要环节，需要通过编制合并抵消分录来实现。这样可以避免虚增利润和资产的情况，反映企业集团整体的经营状况和财务状况。