题中营利性医疗机构免征相关税收的文件，出自于财政部、国家税务总局《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税[2000]42号），相关规定内容：“二、关于营利性医疗机构的税收政策（一）对营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：对其取得的医疗服务收入免征营业税；对其自产自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
3年免税期满后恢复征税。（二）对营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收”。
2009年，随着新的营业税暂行条例的公布实施，财政部、国家税务总局出台《关于公布若干废止和失效的营业税规范性文件的通知》（财税[2009]61号），对有关营业税规范性文件进行了清理，其中，财税[2000]42号文也在清理之列，具体清理内容：部分废止或失效的文件：9.财政部 国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知（财税[2000]42号）有关营业税规定，由此可见，财税[2009]61号文废止了财税[2000]42号文中有关免征营利性医疗机构取得的医疗服务收入营业税的条款规定。但是，根据营业税暂行条例（国务院令第480号）的规定：下列项目免征营业税：（三）医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务；所以，对于包括营利性医疗机构在内的医疗卫生机构取得的医疗服务收入，给予免征营业税的税收优惠政策，仍然有效。
