农产品收购发票的程序有：

1、有收购企业出具证明收购农产品证明；

2、根据收购证明，到所在的村开具所销农产品的自产证明；

3、根据村证明，到所在镇、乡政府再次证明所销产品为自产农产品；

4、根据以上各证明，到所在国税局开具免税发票；

5、将发票交收购企事业收款。开具农产品收购发票应该具备的条件：

1、有固定经营场所、仓储设施或设备；并具备收购业务所必需的人员和资金；

2、拟收购的农产品属于农产品征税范围注释列举的农产品；

3、收购单位对外销售的产品耗用的原材料属于农产品征税范围注释列举的农产品；

4、从事农产品收购加工业务的单位，必须有加工生产车间及与其加工农产品相匹配的机器设备；

5、收购后委托其它生产单位加工的业务，应与受托加工单位签订合法的书面委托加工协议，并报税源管理部门备案；

6、会计核算健全，能够准确提供税务资料；并能通过网络准确开具收购发票且及时上传开票信息。综上所述，农产品收购发票是指收购单位向农业生产者个人，不包括从事农产品收购的个体经营者，收购自产农业免税产品时，由付款方向收款方开具的发票。【法律依据】：《中华人民共和国票据法》第二十条出票是指出票人签发票据并将其交付给收款人的票据行为。《中华人民共和国发票管理办法》第十九条 销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。第二十条所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。第二十二条 开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。