发票联丢失处理如下：

1、使用专用发票抵扣联到主管税务机关认证，将专用发票抵扣联作为记账凭证，并用专用发票抵扣联复印件留存备查。开票方和税局无需特殊处理；

2、可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，将专用发票发票联作为记账凭证，专用发票发票联复印件留存备查。无需开票单位作任何处理，税局在认证时以发票联作为抵扣认证依据。法律依据：《中华人民共和国发票管理办法》第十五条需要领购发票的单位和个人，应当持税务登记证件、经办人身份证明、按照国务院税务主管部门规定式样制作的发票专用章的印模，向主管税务机关办理发票领购手续。主管税务机关根据领购单位和个人的经营范围和规模，确认领购发票的种类、数量以及领购方式，在5个工作日内发给发票领购簿。单位和个人领购发票时，应当按照税务机关的规定报告发票使用情况，税务机关应当按照规定进行查验。补发票需要什么流程1、申请，纳税人携带上述资料到办税服务厅申报征收岗申请开具丢失增值税专用发票已抄报税证明单；

2、受理审核，办税服务厅申报征收岗受理审核纳税人提交的资料，符合条件的，当场受理办理，纳税人提交纸质资料不全或者填写内容不符合规定的，一次性告知纳税人补正或重新填报；

3、开具，纳税人提供资料符合条件的，办税服务厅申报征收岗即时开具丢失增值税专用发票已抄报税证明单。