收购农产品取得普通发票可以抵扣。公司纳税人，在购进农产品时收到了流通环节小规模纳税人开具的增值税普通发票，抵扣进项税额。《财政部国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》第二条第（一）项规定，除本条第（二）项规定外，纳税人购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额；从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额；取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。开具农产品收购发票应该具备的条件：

1、有固定经营场所、仓储设施或设备；并具备收购业务所必需的人员和资金；

2、拟收购的农产品属于《农产品征税范围注释》列举的农产品；

3、收购单位对外销售的产品耗用的原材料属于《农产品征税范围注释》列举的农产品；

4、从事农产品收购加工业务的单位，必须有加工生产车间及与其加工农产品相匹配的机器设备；综上所述，公司收到流通环节小规模纳税人开具的增值税普通发票，不得计算抵扣进项税额。【法律依据】：《营业税改征增值税试点实施办法》第二十五条下列进项税额准予从销项税额中抵扣：（一）从销售方或者提供方取得的增值税专用发票上注明的增值税额；（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额；（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。计算公式为：进项税额=买价x扣除率买价，是指纳税人购进农产品在农产品收购发票或者销售发票上注明的价款和按照规定缴纳的烟叶税。购进农产品，按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》抵扣进项税额的除外。（四）从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，自税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额。