增值税专用发票丢失了，只要按规定办好相应的手续，就可以认证和抵扣。我们来看最新的规定。根据《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》(国家税务总局公告第1号)最新规定：(1)纳税人同时丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。

（2）纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证;(3)纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联，可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。根据关于《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》的解读第五条，从1月8日起，丢失发票联和抵扣联无需再开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》，可凭相应发票的其他基本联次复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。这是国家简化改善营商环境又一有力举措。但企业依然要做好增值税专用发票管理，从发票的购买、开具、交接客户等方面都要制订严格控制的流程，尽量保证每个环节不出问题。