汇总纳税企业分支机构增值税的申报方式如下：

1、总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；

2、经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税；

3、固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税；

4、税务机关办结时限为提供资料完整、各项手续齐全、无违章问题，符合条件的需20个工作日办结。增值税的申报要素：

1、纳税人类型：根据纳税人的类型（一般纳税人或小规模纳税人），申报方式会有所不同；

2、申报期限：增值税的申报通常有固定的期限，如每月或每季度；

3、申报表格：纳税人需要填写规定的增值税申报表格，包括主表和附表；

4、纳税额计算：需要根据税法规定的计算方法计算应纳税额；

5、税率应用：应用正确的税率，一般纳税人和小规模纳税人的税率可能不同；

6、税务机关要求：遵循税务机关对增值税申报的具体要求和指导。综上所述，汇总纳税企业分支机构增值税的申报方式主要依据地域分布和审批权限，分为总分机构地域分别申报、总机构汇总申报以及固定业户在同省不同县（市）的总机构汇总申报三种情形，且在资料齐全、无违规情况下，税务机关需在20个工作日内完成办理。【法律依据】：《中华人民共和国税收征收管理法》第十五条企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位（以下统称从事生产、经营的纳税人）自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。税务机关应当于收到申报的当日办理登记并发给税务登记证件。工商行政管理机关应当将办理登记注册、核发营业执照的情况，定期向税务机关通报。本条第一款规定以外的纳税人办理税务登记和扣缴义务人办理扣缴税款登记的范围和办法，由国务院规定。