法律分析：要区分两种情形具体在实践中操作。

第一种情形是差额扣除部分政策上明文规定不可以开具增值税专用发票，例如劳务派遣和人力资源外包服务可以差额扣除的工资、保险、福利费、公积金等情况 ，对于这种情形我们在发票开具上有两种选择，如果购方要专票，那么开具两张发票（差额后的部分开具专票，差额扣除部分开具普票），如果购方不要专票，则开具一张全额普票。然后对应差额扣除部分金额，分别对应在增值税申报表附表三相关行次和附表一第12-14列填报就可以实现差额征税了。举个发票开具的小例子，一个劳务派遣企业收到用工企业100万元款项，其中80万元用于支付派遣用工工资、保险等，用工企业要求开具专用发票，则劳务派遣企业应开具两张发票，一张20万元的专用发票，一张80万元的普通发票（按适用税率开具）。

第二种情形是差额掉的部分没有政策规定不可以开具增值税专用发票的情形，例如建安企业差额扣除的分包款，物业公司差额扣除的代收自来水消费等情况。那么，发票开具方式就是一种：一票结算，或者一张专用发票，或者一张普通发票。举个例子，一个建安企业收到甲方不含税100万工程款，分包出去80万（也是不含税价），该企业选择简易征收，那么该企业应缴的增值税是（100-80）3%=0.6万元，若甲方要求建安企业出具专用发票，该企业应给甲方按100万不含税价全额给甲方开具专用发票，分包的80万通过增值税纳税申报表附表三及附表一实现税额上的扣减。

法律依据：《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》 第四条 第三项 按照现行政策规定适用差额征税办法缴纳增值税，且不得全额开具增值税发票的（财政部、税务总局另有规定的除外），纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。