抵扣发票操作流程如下：

1、纳税人在收到增值税进项税发票后首先需要查看抵扣联第一联和发票联第二联是否齐全，核查开票的内容是否真实、正确，并检查是否有加盖单位发票专用章；

2、在检查无误后再带上抵扣联去税务局认证，由税务局工作人员将发票信息扫入系统，由系统自动进行比对。认证完成后，税务机关工作人员会归还抵扣联，并知识出一式两联的增值税发票认证结果清单和认证结果通知书，需要纳税人盖上放在窗口的认证专用章。关于抵扣的相关知识：

1、抵扣在国内一般意义上讲即增值税抵扣，是一个经济学名词；

2、只有增值税才有抵扣之说。所谓增值税就是对增值部分收税，比方买的货物，对方开的增值税专用发票，付出去的款项是价格+进项税；卖出商品，给对方开的增值税票，也是价格+销项税，纳税额只有增值税专用发票才可以抵扣，普通发票是无法抵扣的；

3、增值税抵扣：应知识的税费=销项税-进项税。综上所述，发票认证是企业在进行增值税纳税申报时必须要进行的步骤。以上介绍的认证流程以及相关知识，可以帮助企业更好地确保顺利完成增值税纳税申报抵扣工作，提高企业的税务合规性和经济效益。【法律依据】：《中华人民共和国增值税暂行条例》第四条纳税人销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产，以下统称应税销售行为，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。应纳税额计算公式：应纳税额=当期销项税额－当期进项税额，当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。第九条纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。