跨年作废发票的处理方法如下：

1. 增值税普通发票一旦跨月，无法在系统中作废，只能通过开具红字发票进行冲减处理。

2. 若发票已被购货方认证或销售方已抄税记账，则无法作废，必须通过红字发票纠正。

3. 发票填写错误或发生销货退回时，应收回原发票并注明“作废”，然后重新开具正确的发票。

4. 专用发票填写错误时，应在误填的专用发票上注明“误填作废”，并开具正确的发票。发票的作废管理：

1、作废时间：发票在开具后发现错误需要作废时，应当在当日内进行作废处理；若为未使用的发票，应在发现问题后及时作废；

2、作废标记：对于需要作废的发票，应在发票上加盖“作废”章，并在发票管理系统中进行作废操作；

3、记录保存：作废的发票应当妥善保存，并在发票管理台账中记录作废原因、作废日期等信息；

4、报废上交：定期将作废的发票报废上交税务机关，按照规定的程序和时间进行；

5、系统操作：在使用电子发票系统或发票开具软件时，应按照系统提示进行作废操作，并确保作废信息同步到税务局系统。综上所述，跨年作废发票应当根据其类型和状态采取不同的处理措施：增值税普通发票需通过红字发票冲减，已认证或已记账的发票也必须用红字发票纠正；发票填写错误或销货退回应收回并标注作废后重新开具；专用发票误填则在原票上注明作废并重新开具正确发票。【法律依据】：《国家税务总局关于修订的通知》第十三条一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，全联次留存。第二十条同时具有下列情形的，为本规定所称作废条件：（一）收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；（二）销售方未抄税并且未记账；（三）购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。本规定所称抄税，是报税前用IC卡或者IC卡和软盘抄取开票数据电文。《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第二十六条填开发票的单位和个人必须在发生经营业务确认营业收入时开具发票。未发生经营业务一律不准开具发票。第二十七条开具发票后，如发生销货退回需开红字发票的，必须收回原发票并注明“作废”字样或取得对方有效证明。开具发票后，如发生销售折让的，必须在收回原发票并注明“作废”字样后重新开具销售发票或取得对方有效证明后开具红字发票。第二十八条单位和个人在开具发票时，必须做到按照号码顺序填开，填写项目齐全，内容真实，字迹清楚，全部联次一次打印，内容完全一致，并在发票联和抵扣联加盖发票专用章。