增值税专票丢失处理方法如下：

1、登录国家税务总局网站，在“电子税务局”栏目下选择“税控设备管理系统”，进入系统；

2、在系统中选择“发票管理”-“作废专用发票”，填写相关信息，包括纳税人识别号、发票代码、发票号码、开票日期等，申请作废专用发票；

3、申请作废专用发票后，需要在10个工作日内将作废申请表交至所在地税务机关的发票管理部门，并提供相关证明材料，例如丢失专用发票的声明、申请表、身份证明等；

4、在税务机关核实申请材料后，将原发票作废，并重新开具一张新的专用发票，新发票的代码、号码等信息与原发票不同，但开票日期和金额等信息与原发票相同。增值税专票丢失的后果：

1、纳税人无法进行增值税申报：如果增值税专用发票丢失，纳税人无法提供有效的发票凭证进行增值税申报，可能会导致无法报销增值税相关的支出，增加企业成本负担；

2、纳税人可能需要缴纳罚款：如果税务机关发现纳税人无法提供有效的发票凭证进行增值税申报，可能会按照相关法规对纳税人进行罚款处理；

3、纳税人可能会被认定为违规行为：如果纳税人频繁出现增值税专用发票丢失的情况，税务机关可能会认定其存在违规行为，对纳税人进行税务稽查和处罚。综上所述，如果丢失的专用发票已被他人使用，需要及时向税务机关报告，避免纳税人因此产生不必要的损失。【法律依据】：《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第二条在全国范围内统一式样的发票，由国家税务总局确定。在省、自治区、直辖市范围内统一式样的发票，由省、自治区、直辖市税务局（以下简称省税务局）确定。第三十一条使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关。