公司申报纳税的方式有：
1、自报核缴。即纳税人把已经算出的应纳税额向税务机关申报，经税务机关审批，填发缴款书，交由纳税单位向银行纳税的一种征收方式。
2、查定征收。即对生产不固定、账务不健全的纳税单位，由税务机关依据其生产设备、从业人员和正常条件下的生产经营情况，对其产值的应税产品查定产量和销售额（或对其经营项目查定营业额和利润额），依率计征的一种征收方式。
3、定期定额征收。即对一些营业额和所得收入难以准确计算的个体工商户，经过自行申报，由税务机关核定一定时期的营业额和所得税附征率，实行营业税或增值税和所得税合并征收的一种方式。
4、代征。即税务机关委托某些单位或个人代为征收税款的一种方式。公司申报纳税的流程：
1、纳税申报登记（1）纳税登记通俗来讲，就是纳税人在去税局登记报道；（2）法律规定，企业在领取营业执照后30天之内，带上相关证件和材料去税局办理税务登记；（3）税局收到企业的相关材料后自申报日起30天之内审核并发给单位企业税务登记证。
2、确定企业的纳税标准以及征收方式税务认定就是确认纳税人是一般纳税人还是小规模纳税人。确认企业征收税款的方式是什么，是查账征收、核定征收还是代扣代缴等，这些都是单位和税局共同决定的。
3、购买发票和税盘根据相关法律规定，已经核税的企业可以向税务机关购买税控盘零购发票，依据公司业务开具发票了。
4、报税的方式一般分两种：上门申报和网上申报：（1）上门申报也叫直接报税，非常常见的就是企业外派财务携带相关材料亲自到税务部门去填报各项税单，然后缴纳税款。
（2）随着互联网的普及越来越多的公司适用网上申报的方式，通过进入网上办税服务厅官网后填写企业相关纳税信息，报送税款，按时扣款即可。
5、完税证明资料在企业成功纳税以后，在税务大厅可以收到完税凭证，网上报税可以去税务机关按照有关要求提取完税证明。综上所述：公司申报纳税的方式有自报核缴、查定征收、定期定额征收、代征。【法律依据】：《中华人民共和国税收征收管理法》第二十五条纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。第二十六条纳税人、扣缴义务人可以直接到税务机关办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表，也可以按照规定采取邮寄、数据电文或者其他方式办理上述申报、报送事项。
