用菌后瘦水快速变肥EM菌投放到水中后，使瘦水变肥的途径主要有以下两种。
1.EM菌自身所带的大量营养物质使水变肥：直接撒→浮游植物→浮游动物→水产动物，这是EM菌促进养殖动物生长的主要作用机制。
2.利用水中的有机物：EM菌种在出厂后一直保持活性，发酵后的菌液富含各种有益菌，可以快速分解水体和淤泥中的有机物，并将其转化为单细胞藻类所需的营养源，促进硅藻、绿藻等有益藻类的繁殖和生长，起到肥水、增氧、净化水质和产生生物活性酶的作用。肥水效果持续时间长进行肥水后，肥水效果持续时间长。菌相好，培养丰富有益藻类。
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