由于各水域中营养物质的组成、浓度、水温、溶解氧的差异及微生物的来源不同,因此其种类、数量差异很大。
清水型水生微生物,在洁净的水域中,因营养物较少,微生物数量也较少。在每毫升水中一般只含几十个到几百个细菌,并以自养型种类为主。常见的细菌有绿硫细菌、紫色细菌、蓝细菌、柄细菌、赭色纤毛菌、球衣细菌和荧光假单胞菌等。还有许多藻类(如丝状绿藻、硅藻等)、真菌(水霉菌属和绵霉菌属)、原生动物(如钟虫及其他固着型纤毛虫等)和后生动物.(如枝角类、桡足类)等。
腐败型水生微生物,在有机物严重污染的水域中,数量较多的是细菌,每毫升水中可达几千万个甚至几亿个,以异养菌为优势。异养菌分解有机物,起重要的净化作用。常见的微生物中,细菌以变形杆菌、产气肠杆菌、产气碱杆菌等革兰氏阴性无芽孢菌为主,此外还有芽孢杆菌、生抱梭菌、大肠杆菌、粪链球菌、弧菌、螺菌、假单胞菌,有的甚至还含有伤寒、痢疾、霍乱等病原体;藻类有绿藻、裸藻等;原生动物有草履虫、屋滴虫、小口钟虫等。


