一般来说硅藻的扩培有两种方式：一种是长期保存所需要的培养方法，一种是以实验为目的，短期内保藏藻种的培养方法。

长期培养最主要的问题是选择一种合适的培养基，可以在3个月到一年的时间内连续培养藻种。最适合长期培养藻种的培养基是agar（固体琼脂培养基），但是使用agar有一个弊端，即培养物保持无菌的问题；我们可以加一层蒸馏水（咸水的藻类可以加灭菌过人工的海水）在agar上，这种做法可以保证在长期保种的过程中减少agar水分和营养的流失。长期保种使用的培养基，不要选择营养过于丰富的，因为多数的藻，尤其是丝状藻，在营养丰富的环境生长，会发生形态结构上的变化，如果要做生理生态方面研究，实验材料的形态结构是不能异常的。

适合长期保种的贫营养的培养基有这些：Bold’s基础培养基，以及该培养基加上蛋白胨或者琼脂制成的agar，适合长期培养绿藻；Allen及其改良后的配方可以长期培养一般常见的蓝藻和绿藻；土水培养基和它的一个改良的系列也实用培养多数藻种。对于我库提供的藻种，由于藻种长期习惯的原因，建议使用我们提供的原配方来培养，在长期培养的时候，可以适当稀释原培养基，在藻种培养过程中，生长速率会变慢，可以保持其形态结构不变。

另外，长期培养的时候，除了选择适当的培养基，还可以降低温度5～8 C（降温的过程最好能循序渐进，突然改变环境温度，可能会导致藻种不适应而死亡）。光照强度可以减小为原先的一半。在实验之前3到4周，将长期培养的藻种接种到我们提供的培养基中（培养基必须灭菌），按照我们给予的培养条件培养，在实验前6天左右，再次接种。