硅藻泥的主要成分是硅藻土，硅藻土是一种生物成因的硅质沉积岩，它主要由古代硅藻的遗骸所组成。硅藻是最早在地球上出现的一种单细胞藻类生物，生存在海水或者湖水中，形体极为微小，常常以惊人的速度生长繁殖。经历了亿万年，硅藻及其他浮游生物沉积成为了水底的硅藻泥。
使用电子显微镜观察硅藻泥，硅藻矿物是一种孔道大小为微米级的多孔材料，其粒子表面具有无数微小的孔穴，规则、整齐地排列成圆形和针形，单位面积上的微细孔数量比木炭还要多出数千倍。
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