欧美发达国家的在职硕士教育表明，合理、完善的课程体系设置能够有效保障在职硕士的质量，而我国高校在职硕士课程体系设置的不足，严重阻碍了在职硕士能力的提升。

在职硕士课程体系设计不够完善。浙江师范大学在职硕士课程体系主要由两个模块构成，即学位课和非学位课。在这个课程体系里，学位课占主导地位(包括学位公共课程、学位基础课程和学位专业课程)，共有23个学分，占所有课程学分的72%，但这其中并没有体现出对跨学科在职硕士培养的课程模块设计，也没有为跨学科在职硕士开设补修课程，整个课程体系设置不够完善。

没有对跨学科在职硕士与非跨学科在职硕士进行区别培养。两类不同在职硕士无论是在专业基础、知识储备还是思维方式、研究方法上都存在很大的不同，在开始学位论文的撰写之前，应该将两者区别培养，只有这样才能充分发挥各自的优势，提升能力。但是现有的课程体系设置，却将两者等同对待，并没有根据跨学科在职硕士的特殊性对其进行个性化地培养，这在一定程度上抵消了跨学科在职硕士身上所特有的优势。

在在职硕士学习时间的安排上也存在不当之处。学位课通常包括公共课、基础课以及专业课，无论对于本学科还是跨学科的在职硕士都是统一安排在第一、二学期。由于学科背景不同，跨学科在职硕士在大学时期所学的知识与在职硕士阶段所学的知识存在较大的区别，并且非跨学科在职硕士已在本科阶段学习了四年，有着扎实的专业基础，因此两类在职硕士在知识吸收方面存在很大的不同。而这样的时间安排对两类在职硕士的发展都很不利。