在职研究生培养管理的自主性主要体现在以下方面:第一，在职研究生参与个人的课程安排。在职研究生可以在导师的指导下，根据本科阶段所学的课程、自身的学习能力和特点，并结合所学专业的要求，选择在职研究生期间学习的课程。第二，在职研究生申报课题和确定论文选题。在职研究生阶段可以独立申报研究课题，并在导师指导下完成课题。
另外，在职研究生可以根据自己的研究能力和研究方向，在导师指导下确定论文选题。尤其是博士阶段，这种独立性和自主性的特征更加明显。在职研究生培养管理的自主性是通过根据培养目标和培养方案制定出个人学习研究计划，并自觉地按照个人学习研究计划实行自我管理。在学校条件允许的情况下，在职研究生还可以通过担任助教、助研和助管的形式参与学校的管理工作，进一步实行自我管理。
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