菏泽医学院设有临床医学系、护理系、药学与检验医学系、基础医学系、思想政治理论课教学部、口腔科、医疗技术系、健康管理系、中医系、公共教育部及其他部门，以下是具体名单，以供参考，可调整的，以学校最新公告为准。
1、学院
临床医学系 护理系 药学与检验医学系 基础医学系 思想政治理论课教学部 口腔医学系 医疗技术系 健康管理系 中医系 公共教学部
2、菏泽医学院简介
菏泽医学院坐落于中国牡丹之都——山东省菏泽市，是山东省人民政府举办的省属公办全日制普通高等学校。
菏泽医学院的前身是1950年经国务院批准成立的平原省立卫生学校；1958年，更名为菏泽地区医学院，随后又前往山东省菏泽区卫生学校、山东省菏泽地区医学院、山东省菏泽区卫生学校等学校办学期限；1978年经国务院批准，更名为菏泽医学院。
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